אביגדור קפלן נולד ב־23 ביולי 1939, בישראל. בעל תואר ראשון בכלכלה וסטטיסטיקה מהאוניברסיטה העברית בירושלים, בעל תואר שני בהנדסת תעשייה וניהול מהטכניון בחיפה ובעל תואר שלישי במדעי הבריאות מאוניברסיטת בן גוריון.