פרופ' ציפורה כוכבי-רייני התמחתה בשפות שמיות וחמיות. ספריה עוסקים בנושאים לשוניים ולשוניים סגנוניים של הטקסטים הכתובים בכתב היתדות בעיקר ובהירוגליפים ובניתוח לשוני וסגנוני של ספרות העברית המקראית והעברית המודרנית. כמו כן חיברה טרילוגיה על חייה של הסופרת נעמי פרנקל.
מבין ספריה: מכתבי שלונסקי – עיון לשוני וסגנוני; התכתבות של אל עמארנה, כרך 2 (באנגלית); מלכת הקונכייה, 3 כרכים: 'אל האור', 'זריחה ושקיעה', 'ניצחון הרוח'. הטרילוגיה מגוללת את סיפור חייה הסוערים של הסופרת נעמי פרנקל; הדיאלקט האכדי של סופרי מצרים במאות ה-14 וה-13 לפני הספירה (באנגלית); פרדה לנעמי פרנקל - ניתוח לשוני-סגנוני של הרומן פרדה לנעמי פרנקל; למלך אדוני, תרגום מכתבי אל עמארנה האכדיים; מראות, צבעים, קולות וצלילים – ניתוח לשוני-סגנוני של הרומן ברקאי לנעמי פרנקל; מכתבי אלשיה (באנגלית) תרגום וניתוח לשוני של מכתבים אכדיים שנשלחו מאלשיה (קפריסין) למצרים במאות ה-י"ד וה-י"ג לפני הספירה; מתנות ממלכתיות (באנגלית); הספר מציג את התרבות החומרית המשתקפת ברשימות מתנות מראשי ממלכות בעולם העתיק (מצרים, בבל, מיתני, אוגרית וחת); אוצר מילים שמי-מערבי אשר בכתב מצרי במאות הי"ד עד למאה ה-י' לפני הספירה (באנגלית, עם פרופ' דניאל סיון).